08 ноября 1987 года был открыт  Детский сад  - ясли № 21 «Василёк».
В 1995 году детский сад – ясли переименован  в Дошкольное образовательное учреждение детский сад № 21 «Василёк».

На основании Приказа Управления образованием города Байконур от 25.01.2005 г. Дошкольное образовательное учреждение детский сад № 21 «Василёк» переименовано  в Государственное дошкольное образовательное учреждение детский сад №  21 «Василёк» 

На основании Приказа Управления образованием города Байконур от 10.10.2011 г.  № 13-620/1 Государственное дошкольное образовательное учреждение детский сад №  21 «Василёк» переименовано  в Государственное бюджетное дошкольное образовательное учреждение детский сад №  21 «Василёк».

В 2012 году детскому саду исполнилось 25 лет. За это время сменились не только многие поколения детей, но и несколько поколений сотрудников. Обязанности заведующего в разные периоды времени выполняли: Цветкова З.И, Чернова Н.В., Злыдарева В.А., Юндина З.Н. Каждая из руководителей внесла свой вклад в развитие детского сада. Обязанности методиста выполняли: Мукменова А.Н., Кутовая О.В., Елфимова И.А.

С ноября 2008 года:

Заведующий – Елфимова Ирина Анваровна.

Заместитель заведующего по воспитательной и методической работе – Рахмешкенова Шынар Конырбековна.